Государство выплачивает ряд субсидий и компенсаций на охрану и сохранение природы. Некоторые из них – пособия на деятельность, а некоторые – компенсации за неуправление сообществами

В целях защиты природы в Эстонии выплачивается несколько субсидий и компенсаций как из государственного бюджета, так и из фондов Европейского союза (ЕС). Существуют как пособия на деятельность (например, субсидия на уход за полуприродным биоценозом), компенсация за неуправление (например, субсидия Natura 2000 для частных лесных угодий), так и налоговые льготы (например, освобождение от уплаты земельного налога и освобождение находящихся под охраной объектов.